1960年農(nóng)業(yè)機(jī)械工業(yè)部決定組建畜牧機(jī)械、水稻機(jī)械、山地機(jī)械等六個(gè)科研院所。當(dāng)年9月3日農(nóng)機(jī)部“農(nóng)機(jī)干徐字第77號(hào)”文件要求在內(nèi)蒙古自治區(qū)建立畜牧機(jī)械科研機(jī)構(gòu),建議將正在籌建中的內(nèi)蒙古農(nóng)牧業(yè)機(jī)械研究所改建為畜牧機(jī)械研究所,由農(nóng)機(jī)部和內(nèi)蒙古自治區(qū)雙重領(lǐng)導(dǎo),以地方為主。經(jīng)請(qǐng)示內(nèi)蒙古自治區(qū)人民委員會(huì)副主席高增培,自治區(qū)農(nóng)牧業(yè)機(jī)械廳和經(jīng)委于9月10日電復(fù)農(nóng)機(jī)部表示同意,內(nèi)蒙古畜牧機(jī)械研究所(以下簡(jiǎn)稱牧機(jī)所)正式成立。成立之初,牧機(jī)所先后隸屬內(nèi)蒙古農(nóng)牧業(yè)機(jī)械廳和重工業(yè)廳,所址在呼和浩特市新城東街6號(hào)。
1962年9月,第八機(jī)械工業(yè)部以(62)技研字第54號(hào)、內(nèi)蒙古自治區(qū)計(jì)委以(62)計(jì)基阿字第941號(hào)文件批復(fù),同意牧機(jī)所建設(shè)投資200萬元,編制200人。
1964年11月牧機(jī)所第一期建設(shè)任務(wù)竣工,完成固定資產(chǎn)200萬元,實(shí)有職工126人,其中工程技術(shù)人員96人,并由原址遷入現(xiàn)址。搬遷時(shí)冶金研究室由牧機(jī)所分出,成立內(nèi)蒙古自治區(qū)冶金研究所。
1965年11月,內(nèi)蒙古自治區(qū)人民委員會(huì)決定將內(nèi)蒙古農(nóng)業(yè)機(jī)械化研究所(同時(shí)掛內(nèi)蒙古農(nóng)牧業(yè)機(jī)械試驗(yàn)鑒定站牌子)并入內(nèi)蒙古畜牧機(jī)械研究所,更名為內(nèi)蒙古農(nóng)牧業(yè)機(jī)械化研究所,隸屬關(guān)系由自治區(qū)重工業(yè)廳調(diào)整為自治區(qū)農(nóng)牧業(yè)機(jī)械管理局。當(dāng)時(shí)全所職工l78人,其中工程技術(shù)人員115人。
1968年3月成立牧機(jī)所革命委員會(huì),隸屬于自治區(qū)革命委員會(huì)生產(chǎn)建設(shè)指揮部領(lǐng)導(dǎo)。
1971年,內(nèi)蒙古自治區(qū)重新組建廳局,牧機(jī)所劃歸自治區(qū)機(jī)械工業(yè)廳領(lǐng)導(dǎo),全所職工l55人,其中工程技術(shù)人員72人。
1974年第一機(jī)械工業(yè)部農(nóng)機(jī)局在天津市召開“農(nóng)機(jī)科研座談會(huì)”,重新確定牧機(jī)所為全國(guó)畜牧機(jī)械科研的“牽頭抓總”單位。
1978年6月2日,內(nèi)蒙古自治區(qū)編制委員會(huì)批復(fù)([78]內(nèi)編發(fā)11號(hào)),所名恢復(fù)為內(nèi)蒙古畜牧機(jī)械研究所,實(shí)有職工286人,其中工程技術(shù)人員l21人,由第一機(jī)械工業(yè)部和內(nèi)蒙古自治區(qū)機(jī)械工業(yè)局雙重領(lǐng)導(dǎo)。
1979年3月國(guó)務(wù)院批準(zhǔn)國(guó)家科委、農(nóng)業(yè)機(jī)械部《關(guān)于調(diào)整內(nèi)蒙古自治區(qū)畜牧機(jī)械研究所的管理體制的報(bào)告》([79]國(guó)科發(fā)技字第l92號(hào)、農(nóng)機(jī)生聯(lián)字第33號(hào)),將牧機(jī)所隸屬關(guān)系調(diào)整為農(nóng)業(yè)機(jī)械部與內(nèi)蒙古自治區(qū)雙重領(lǐng)導(dǎo),以農(nóng)業(yè)機(jī)械部為 主。當(dāng)年全所職工273人,其中工程技術(shù)人員l04人。同時(shí),為保證自治區(qū)農(nóng)機(jī)科研工作,從牧機(jī)所分出部分人員恢復(fù)了內(nèi)蒙古農(nóng)牧業(yè)機(jī)械化研究所。1980年6月,經(jīng)自治區(qū)政府同意,在牧機(jī)所民用機(jī)械研究室的基礎(chǔ)上擴(kuò)建為內(nèi)蒙古機(jī)電研究所,從牧機(jī)所分出。
1981年9月,農(nóng)業(yè)機(jī)械部批復(fù)了《畜牧機(jī)械研究所l981-1985年發(fā)展規(guī)劃》,隨后機(jī)械工業(yè)部對(duì)《畜牧機(jī)械研究所六五擴(kuò)建初步設(shè)計(jì)任務(wù)書》進(jìn)行了批復(fù)([82]機(jī)農(nóng)字第908號(hào)),牧機(jī)所開始進(jìn)行第二期基本建設(shè),總投資700萬元。
機(jī)械工業(yè)部于l982年11月27日以(82)機(jī)辦字第l053號(hào)文通知牧機(jī)所定名為“機(jī)械工業(yè)部呼和浩特畜牧機(jī)械研究所”,隸屬于機(jī)械工業(yè)部。年底實(shí)有職工312人,其中科技人員l29人。
1984年7月,國(guó)家科委(84)國(guó)科發(fā)管字489號(hào)文件批復(fù),同意將內(nèi)蒙古呼倫貝爾盟畜牧機(jī)械試驗(yàn)站(原名呼盟農(nóng)牧機(jī)械研究所)劃歸牧機(jī)所領(lǐng)導(dǎo),更名為機(jī)械工業(yè)部呼和浩特畜牧機(jī)械研究所海拉爾試驗(yàn)站。年底全所職工468人(海拉爾試驗(yàn)站79人),其中工程技術(shù)人員260人(海拉爾試驗(yàn)站52人)。同年9月,中共機(jī)械工業(yè)部黨組(84)機(jī)黨函字214號(hào)文件批準(zhǔn)牧機(jī)所為地專級(jí)單位。
1998年12月7日,根據(jù)國(guó)家機(jī)械工業(yè)局《關(guān)于同意中國(guó)農(nóng)業(yè)機(jī)械化科學(xué)研究院與呼和浩特畜牧機(jī)械研究所合并的通知》(國(guó)機(jī)改[1998]568號(hào)),牧機(jī)所并入中國(guó)農(nóng)業(yè)機(jī)械化科學(xué)研究院。
2000年1 月7日,國(guó)家經(jīng)濟(jì)貿(mào)易委員會(huì)和國(guó)家科學(xué)技術(shù)部《關(guān)于印發(fā)調(diào)整國(guó)家經(jīng)貿(mào)委管理的10個(gè)國(guó)家局所屬部分科研機(jī)構(gòu)轉(zhuǎn)制方案的通知》(國(guó)經(jīng)貿(mào)技術(shù)[2000]16號(hào))明確牧機(jī)所進(jìn)入中國(guó)農(nóng)業(yè)機(jī)械化科學(xué)研究院,一同轉(zhuǎn)制為中央直屬科技型企業(yè)。同年7月,牧機(jī)所正式在內(nèi)蒙古自治區(qū)工商行政管理局登記注冊(cè),定名為中國(guó)農(nóng)業(yè)機(jī)械化科學(xué)研究院呼和浩特分院。
2001年12月10日,內(nèi)蒙古自治區(qū)科技廳以內(nèi)科發(fā)計(jì)字[2001]38號(hào)文件批復(fù),同意依托我院組建“內(nèi)蒙古自治區(qū)畜牧業(yè)裝備工程技術(shù)研究中心”。
2004年1月6日,內(nèi)蒙古自治區(qū)科技廳以內(nèi)科發(fā)計(jì)字[2004]2號(hào)文件批復(fù),同意依托我院組建“內(nèi)蒙古自治區(qū)新能源工程技術(shù)研究中心”。
2005年12月19日,國(guó)家科學(xué)技術(shù)部以國(guó)科發(fā)計(jì)字[2005]503號(hào)文件批復(fù),同意依托我院組建“國(guó)家草原畜牧業(yè)裝備工程技術(shù)研究中心”。
2009年,國(guó)家發(fā)展與改革委員會(huì)批準(zhǔn),依托我院組建“國(guó)家地方聯(lián)合太陽能干燥技術(shù)工程實(shí)驗(yàn)室”。
2017年,我院完成公司制改革,正式更名為“中國(guó)農(nóng)業(yè)機(jī)械化科學(xué)研究院呼和浩特分院有限公司”。